VASP计算设置模块

本模块用于自动设置VASP计算任务，支持多个输入路径和灵活的输出配置。

模块概述

该模块提供了一组函数，用于：

自动发现结构文件和目录
创建VASP计算所需的所有输入文件
保持原有的目录分类结构
生成可自定义的提交脚本

主要函数说明

create_incar(config)

创建INCAR文件。

参数： - config: 配置字典，包含INCAR参数

返回： - Incar对象

作用： 根据配置参数生成VASP的INCAR输入文件。

setup_vasp_calculation(poscar_path, output_dir, config)

为单个结构设置VASP计算。

参数： - poscar_path: POSCAR文件路径 - output_dir: 输出目录路径 - config: 配置字典

返回： - 布尔值，表示设置是否成功

作用： 为单个结构创建完整的VASP计算目录，包括POSCAR、INCAR、POTCAR和提交脚本。

create_submission_script(output_dir, config)

创建完全可自定义的SLURM提交脚本。

参数： - output_dir: 输出目录路径 - config: 配置字典，包含提交脚本配置

返回： - 无返回值

作用： 根据配置文件生成适应不同HPC环境的SLURM提交脚本。

discover_structure_dirs(input_paths)

自动发现所有输入路径中的结构目录。

参数： - input_paths: 输入路径列表

返回： - 发现的目录信息列表，每个元素包含name、path、prefix、type等信息

作用： 扫描输入路径，识别包含.vasp文件的目录，为后续处理做准备。

process_directory_for_vasp(input_dir, output_base_dir, config, prefix=””)

处理整个目录的结构用于VASP计算。

参数： - input_dir: 输入目录路径 - output_base_dir: 输出基础目录 - config: 配置字典 - prefix: 目录前缀（可选）

返回： - 设置的计算任务数量

作用： 遍历目录中的所有.vasp文件，为每个结构设置VASP计算，保持原有目录结构。

配置参数说明

配置文件需要包含以下VASP设置相关参数：

vasp_setup:
    input_paths:        # 输入路径列表
        - './deformed_structures'
        - './perturbed_structures'
    output_dir: './vasp_calculations'  # 输出目录

vasp:
    incar_parameters:   # INCAR参数
        PREC: 'Accurate'
        ENCUT: 500
        ...
    submission:         # 提交脚本配置
        slurm_headers:
            - '#SBATCH --job-name=vasp_calculation'
            - '#SBATCH --nodes=1'
        modules:
            - 'module load vasp/5.4.4'
        vasp_execution:
            - 'srun vasp_std'

输入输出结构

输入结构： 任意包含.vasp文件的目录结构，如：

deformed_structures/
├── BaTiO3/
│   ├── BaTiO3_mp-2998_supercell.vasp
│   └── BaTiO3_mp-2998_perturb_0001.vasp
└── SrTiO3/
    └── SrTiO3_mp-5229.vasp

输出结构： 保持原有结构，每个结构一个计算目录：

vasp_calculations/
├── BaTiO3/
│   ├── BaTiO3_mp-2998_supercell/
│   │   ├── POSCAR
│   │   ├── INCAR
│   │   ├── POTCAR
│   │   └── submit.sh
│   └── BaTiO3_mp-2998_perturb_0001/
└── SrTiO3/
    └── SrTiO3_mp-5229/

使用示例

# 直接运行模块
python vasp_setup.py

# 或在Python代码中调用
from vasp_setup import main
main("input.yaml")

注意事项

需要正确配置INCAR参数以适应计算需求
POTCAR生成依赖potcar_generator模块
提交脚本需要根据实际HPC环境调整配置
已完成的计算（存在OUTCAR）会自动跳过
保持原有目录结构便于数据管理和追溯